Basicamente, em Mail Service -> SMTP Service -> Delivery (Serviço de Correio/Serviço SMTP/Entrega), você especifica o limite global (para todas contas do servidor) para envio/recebimento por mensagem. Há um overhead de 30%, ou seja, para 10 MB, especifique 13 MB.

Em cada domínio, você tem também, na guia Options -> User max mailbox size (Tamanho da caixa postal do usuário) e Max message size (Tamanho máximo por mensagem do usuário). O valor que você colocar nesses campos, será herdado para todas as contas do domínio. O limite "Tamanho máximo por mensagem" que você colocar a nível de domínio ou usuário, serve apenas para ENVIO e irá sobrescrever o limite global, citado no parágrafo anterior, entretanto o limite global definido continua valendo para recebimento. Caso queira que o limite de "tamanho por mensagem" definido no domínio ou em contas também seja válido para recebimento, ative a seguinte constante via API:

C_Mail_SMTP_Other_IncomingMessageLimits = $285;// Bool         Should also size of incoming mails be checked? 0

Ou seja, comando do tipo:

tool modify system C_Mail_SMTP_Other_IncomingMessageLimits 1

No domínio teste.com.br (exemplo), especificamos 100 MB para tamanho máximo de caixa postal e 23 MB para o campo Tamanho máximo por mensagem do usuário na aba Limites do domínio, na parte entitulada "Limites dos Usuários", ou seja, cada conta desse domínio pode ENVIAR no máximo 23 MB por email e possui um limite de 100 MB de espaço em disco. Ao definir um limite no domínio, note que você pode definir limites para o domínio todo (Na parte "Domínio" da aba Limites de um domínio) ou o limite de cada conta do domínio, definido apenas a nível de domínio (em "Limites dos Usuários"), mesmo tal limite não aparecendo em cada conta de usuário. Se uma conta de usuário, por sua vez, tiver um limite diferente, fica valendo o que estiver definido a nível de usuário.

Vale ressaltar que em Configurações Globais/Domínios, precisamos ativar Usar Limites de domínio (na aba Limites/seção Domínio de um domínio, para usar limites como quantidade e # de msgs enviadas pelo domínio todo) e Usar limites de usuários (para ativar limites a nivel usuário, especificando a nível de domínio em Limites/seção Usuários, conforme explica no parágrafo acima, ou limites em contas de usuários, na aba Limites de uma conta), bem como Override Global limits (para sobrescrever o limite definido em Serviço de Correio/Serviço SMTP/aba Geral/Tam. máximo de mensagem).

Caso queira ativar um limite de tamanho de cada mensagem para todos os domínios (que será herdado para todas as contas), a partir de \merak, rode o tool.exe da seguinte forma:

tool modify domain * d_usermsg 23000

A constante foi obtida do arquivo merak/delphi/api/apiconst.pas

Agora, para mudar o limite de espaço em disco (tamanho da caixa postal) para todos usuários de um domínio...

Constantes:
 
U_MaxBox = $27; // Bool Enable mailbox size limit 0
U_MaxBoxSize = $28; // Int Mailbox size limit (kB)
 
Comando: tool modify account *@dominio.com.br u_maxbox 1 u_maxboxsize 102400
 
Para uma conta, basta especificar o email da conta ao invés de *@dominio.com.br

Note que, em ambos exemplos de uso da ferramenta tool, a unidade usada foi Kbytes, conforme referenciado no arquivo apiconst.pas.